Een belastingplichtige kan gebruik maken van de innovatiebox als hij een immaterieel activum heeft voortgebracht waarvoor hem een octrooi is verleend of dat is voortgevloeid uit speur- en ontwikkelingswerk (S&O), waarvoor aan de belastingplichtige een S&O-verklaring is afgegeven. De voordelen uit hoofde van het immateriële activum worden bij gebruikmaking van de innovatiebox tegen een beperkt tarief belast. Er dient een direct oorzakelijk verband te bestaan tussen de S&O-werkzaamheden en het voortgebrachte immaterieel activum. De kwalificerende S&O-werkzaamheden zijn slechts die werkzaamheden waarvoor de S&O-verklaring is afgegeven.
Volgens de rechtbank kan een ondernemer die voor de jaren 2010 en 2011 over een S&O-verklaring beschikte, maar wiens S&O-uren na controle op nihil zijn gesteld, in beginsel geen aanspraak op toepassing van de innovatiebox maken. De werknemers van de ondernemer hebben in 2010 en 2011 geen werkzaamheden verricht die kwalificeren als S&O-werkzaamheden waarvoor een S&O-verklaring is afgegeven.
De ondernemer had met de Belastingdienst een vaststellingsovereenkomst gesloten over toepassing van de innovatiebox. Partijen zijn overeengekomen dat de ondernemer in de aangiften vennootschapsbelasting 2010 tot en met 2015 de innovatiebox mocht toepassen. Volgens de tekst van de overeenkomst zijn partijen ervan uitgegaan dat de vastgelegde feiten zich hebben voorgedaan en als zodanig tussen partijen zullen gelden. Deze vaststelling geldt ook voor zover zij van de tevoren bestaande rechtstoestand mocht afwijken. Een belangrijke wijziging in het feitencomplex kon alleen met goedkeuring van beide partijen leiden tot wijziging van de overeenkomst.
Omdat door de ondernemer innovatieve werkzaamheden zijn verricht die hebben geleid tot een voor hem nieuwe machine voor een nieuw productieproces en de S&O-uren op nihil zijn gesteld vanwege een gebrekkige projectadministratie, is de rechtbank van oordeel dat de vaststellingsovereenkomst, die geen voorwaarden bevat met betrekking tot de aanwezigheid van een S&O-verklaring of een minimaal aantal S&O-uren, niet zo zeer in strijd met de wettelijke regels is dat de ondernemer in redelijkheid niet op nakoming zou mogen rekenen. Daarmee had de ondernemer recht op toepassing van de innovatiebox.